常见问题解答
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Q:
荧光定量PCR结果,扩增效率过低(<90%)或者过高(>110%)是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1.移液器长期未校准或移液操作差
2.标准品稀释不正确或加样问题
3.引物二聚体或者扩增子具有二级结构或者非特异性扩增
4.标准曲线动态范围太小
5.模板中存在抑制剂
6.基因组DNA污染(RNA样本)
解决办法:
1.定期校准移液器或慢速移液,避免产生气泡
2.重新稀释,或重复实验
3.重新设计引物或者优化扩增程序,提高扩增特异性,可使用两步法程序或提高退火温度;提高扩增效率,可使用三步法程序或延长延伸时间
4.重新设计引物
5.稀释模板,或者重新制备模板
6.使用含有gDNA去除的反转录试剂盒 -
Q:
荧光定量PCR结果,Ct>35,熔解曲线Tm值<80°C是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1.引物二聚体
2.未使用热启动的Taq酶或热启动Taq酶封闭效果不佳
解决办法:
1.重新设计引物或者选择产生最小信号的熔解温度峰的引物组合
2.使用热启动Taq酶或更换试剂厂家 -
Q:
荧光定量PCR结果,Ct<35,熔解曲线Tm值与目的基因一致是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
反应体系污染模板
解决办法:
1.设置不同操作区域,如样品制备区、加样区和反应扩增区,避免不同步骤之间交叉污染;
2.反应体系在超净工作台内配制,使用带滤芯吸头;
3.将引物、水、试剂分装成小份,避免反复开启导致污染。 -
Q:
荧光定量PCR结果,熔解曲线Tm值80℃之后且比目的基因高是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:RNA含有gDNA污染。
解决办法:使用含有gDNA去除的反转录试剂盒。 -
Q:
荧光定量PCR结果,熔解曲线双峰,杂峰Tm在80℃之前是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1.存在引物二聚体;
2.模板量过低。
解决办法:
1.建议降低引物浓度或重新设计引物;
2.提高模板量。 -
Q:
荧光定量PCR结果,熔解曲线双峰,杂峰Tm在80℃之后是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1.存在非特异性扩增
2.gDNA污染
解决办法:
1.重新设计引物或者优化扩增程序,使用两步法程序或提高退火温度
2.可通过NRT样本确认 -
Q:
荧光定量PCR结果,熔解曲线单峰但不尖锐是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:存在大小相近的非特异性产物
解决办法:可通过高1.5%~2%琼脂糖电泳确认 -
Q:
荧光定量PCR结果,熔解曲线前端起杂峰是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:ROX浓度与机型不匹配;
解决办法:可在仪器上将参比染料设置由ROX更改为NONE,取消ROX的校正功能,查看熔解曲线是否恢复正常。 -
Q:
荧光定量PCR结果,两种试剂平行对比,熔解曲线不一样是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:存在大小相近的非特异性产物;
解决办法:可通过高1.5%~2%琼脂糖电泳确认。 -
Q:
荧光定量PCR结果,熔解曲线单峰Tm值在80°C以前是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:未加模板,仅有引物二聚体的扩增;
解决办法:可通过电泳确认或者重复实验。
