常见问题解答
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Q:
cDNA模板需要稀释吗?应该稀释多少倍进行定量?
A:没有具体的稀释参考倍数,一般cDNA每稀释2倍Ct值变大1,可以根据这个规律进行合适的稀释。可以使用cDNA原液、10倍稀释液作为模板进行定量实验,根据规律选择Ct值落在18~28范围内的稀释倍数。也可以参考换试剂之前的稀释倍数。
注:当使用cDNA原液进行检测的时候,使用量不能超过qPCR反应体系的1/10,因为cDNA中包含很多抑制qPCR的组分,cDNA体积大时风险很高。 -
Q:
不同逆转录酶的区别?
A:二代:
1)RNase H活性:无
2)最长产物长度:9 kb
3)最适反应温度:42℃
4)cDNA产率:☆
5)抗二级结构:☆
6)逆转录速度:☆
7)抑制剂耐受能力:☆
三代:
1)RNase H活性:无
2)最长产物长度:12 kb
3)最适反应温度:50℃
4)cDNA产率:☆☆
5)抗二级结构:☆☆
6)逆转录速度:☆☆
7)抑制剂耐受能力:☆☆
四代:
1)RNase H活性:无
2)最长产物长度:20 kb
3)最适反应温度:55℃
4)cDNA产率:☆☆☆
5)抗二级结构:☆☆☆
6)逆转录速度:☆☆☆
7)抑制剂耐受能力:☆☆☆
三代TDT活性最强,适合做建库;四代扩增速度最快,适合做IVD和基因表达研究;二代最便宜 -
Q:
荧光定量PCR结果,扩增曲线不是S型是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1. 模板中存在抑制剂
2. 引物扩增效率低
解决办法:
1. 稀释模板,或者重新制备模板
2. 提高引物浓度,或者尝试三步法扩增程序,或者重新设计引物 -
Q:
荧光定量PCR结果,初始扩增不规则是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:cDNA模板加入量过多
解决办法:按说明书推荐量加入,或者稀释cDNA样本 -
Q:
荧光定量PCR结果,扩增曲线断裂或下滑是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:基线设置不当
解决办法:建议减小基线终点(例如基线默认3~15循环,可改为3~10个循环),重新分析数据 -
Q:
荧光定量PCR结果,扩增曲线不平滑是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1. 探针或者染料有降解;
2. 仪器长时间未校准或者过度使用,荧光收集不稳定;
3. 八联排管子或PCR板子与机型不匹配;
4. 反应管内有气泡。
解决办法:
1. 更换新探针或新试剂;
2. 定期进行仪器校准及维护保养;
3. 建议挑选合适的耗材用于实验;
4. 加样完成后轻弹离心去除气泡或者延长预变性时间至10 min,以去除气泡。 -
Q:
荧光定量PCR结果,扩增曲线重复性差是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因
1. 加样误差,移液不准确
2. 模板量低
3. 仪器长时间未校准或者过度使用,荧光收集不稳定
4. 反应管内有气泡
解决办法
1. 移液器定期校准或者提前配制好反应预混液
2. 提高模板量
3. 定期进行仪器校准及维护保养
4. 加样完成后轻弹离心去除气泡或者延长预变性时间至10 min,以去除气泡 -
Q:
荧光定量PCR结果,扩增曲线杂乱无规律是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
ROX浓度和机型不匹配。
解决办法:
将仪器上的参比染料设置由ROX更改为NONE,取消ROX的校正功能,查看扩增曲线是否恢复正常。 -
Q:
荧光定量PCR结果,Ct值>30或扩增曲线无法到达平台期是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1.模板量低或基因表达丰度低
2.引物扩增效率低
3.引物可能降解或使用不对或与模板不匹配
4.模板中存在抑制剂
解决办法:
1.建议增加模板量观察Ct值能否成相应倍数减少
2.提高引物浓度,或者尝试三步法扩增程序,或者重新设计引物
3.更换新引物或者重新设计引物
4.稀释模板,或者重新制备模板 -
Q:
荧光定量PCR结果,反应结束无扩增曲线出现是什么原因?有什么解决办法?
A:可能原因:
1.荧光信号采集步骤未设置或者设置错误;
2.引物可能降解或使用不对或与模板不匹配;
3.模板浓度过低;
4.模板隆解。
解决办法:
1.两步法扩增程序一般将信号采集设置在退火&延伸阶段,三步法扩增程序应当将信号采集设置在 72℃延伸阶段;
2.更换新引物或者重新设计引物;
3.减少模板稀释倍数重复实验,样品浓度未知的情况下先从最高浓度做起;
4.重新制备模板,重复实验。
