常见问题解答
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Q:
怎么判断RNA样本中的gDNA残留量是高还是低?
A:gDNA的残留量可以通过对提取的RNA进行琼脂糖凝胶电泳检测。
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Q:
去gDNA的方法选择方法一(一步法)还是方法二(两步法)?
A:如果不清楚具体的含量,可以按照gDNA残留高的方法二(两步法)的步骤处理。
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Q:
去gDNA按照方法一(一步法)gDNA去除不干净怎么解决?
A:可以将37℃的反应时间延长至5 ~ 10 min。
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Q:
RNA的加入量范围是多少?
A:说明书推荐加入量50 ng~1 μg,一般推荐1 μg加入量,如果目的基因表达量非常低,最多可以加入 5 µg Total RNA。
Total RNA如果用于miRNA反转录推荐1 μg加入量。 -
Q:
如何选择反转录的引物?
A:常用的反转录引物有:随机引物,Oligo(dT)和基因特异性引物。
随机引物:
1)结合部位:RNA的许多随机可结合部位;
2)优点:适合复杂结构和微量模板;
3)缺点:特异性低,小片段多;
4)适用的反应类型:rRNA、tRNA、真核/原核mRNA、LncRNA、cirRNA、病毒RNA。
Oligo(dT):
1)结合部位:真核生物mRNA3’端poly(A)尾;
2)优点:可合成全长cDNA;
3)缺点:①仅扩增有polyA尾的mRNA;②对模板质量要求高;
4)适用的反应类型:真核mRNA、LncRNA、额外加Poly(A)尾的RNA。
基因特异性引物:
1)结合部位:特异性互补序列;
2)优点:特异性强,灵敏度高;
3)缺点:仅合成特定的序列;
4)适用的反应类型:序列已知的所有类型RNA、miRNA或tsRNA茎环法。 -
Q:
EG15133和EG24102这两款反转录试剂的区别是什么?
A:EG15133
1)组分:随机引物与Oligo(dT)已预混至预混液中;
2)优势:加样方便,反转录效率高,并保障获得更加完整的cDNA,避免3’端扩增偏好性;
3)应用场景:下游qPCR的反应类型:rRNA、tRNA、真核/原核mRNA、LncRNA、cirRNA、病毒RNA。
EG24102
1)组分:随机引物与Oligo(dT)单独提供;
2)优势:可实验的具体情况可灵活选择随机引物、Oligo(dT)或基因特异性引物进行反转录,应用场景更广;
3)应用场景:下游qPCR的反应类型:rRNA、tRNA、真核/原核mRNA、LncRNA、cirRNA、病毒RNA、序列已知的所有类型RNA、miRNA或tsRNA茎环法。下游PCR的反应类型:真核/原核mRNA。 -
Q:
tsRNA和miRNA推荐用哪款反转录试剂?
A:EG24102,RTase III Primer Flexible All-in-One Mix (with dsDNase),三代逆转录可选引物预混液(去基因组),仅适用于茎环法。
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Q:
可以通过紫外分光光度法测逆转录产物cDNA的浓度和纯度来判定逆转录的效率吗?
A:不可以,逆转录产物cDNA是混合物,除了cDNA产物以外,还有Buffer、逆转录酶、引物,同时还包含未转录的模板RNA,总RNA中的tRNA、rRNA等,都会干扰浓度测定结果。1000ng的RNA理论可以反转录1000ng cDNA。评价反转录好坏一般根据内参基因Ct值或者是否有目的基因扩增来评价。
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Q:
cDNA产物能电泳吗?
A:cDNA产物可以进行电泳,但是电泳结果一般呈“弥散”现象。
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Q:
反转录50℃反应比37℃或42℃反应有什么优势?
A:提供更高的反应温度,有助于减少RNA的二级结构,提高引物的特异性结合,使用热稳定的逆转录酶,可以提高cDNA合成的效率和完整性。
